Кај малите деца, во случај на хормонална абнормалност, третманот може да се состои од инјекции на Тестостерон, чија доза и регуларност ги одредува ендокринологот. Овој добро следен третман ја зголемува големината на пенисот. Кога микропенисот е предизвикан од ткива на пенисот кои се нечувствителни на тестостерон, овој хормонски третман нема ефект.

Колку порано се открие микропенисот, толку побрзо ќе се стави третманот, толку поефективен ќе биде. Третманот може да биде неопходен и околу пубертетот. По пубертетот, хормоналниот третман повеќе не е ефикасен бидејќи ткивата повеќе не реагираат на ист начин.

Хируршки третман на микропенисот     

Во зрелоста, кога микропенисот не бил третиран или кога третманот не бил доволно ефикасен, на хирургија возможно е. Сепак, тоа не секогаш дава убедливи резултати.

Делот на лигаментот суспензорски на пенисот, кој оди од пенисот до пубисот, може да се понуди. Не го модифицира пенисот на кој било начин, туку делумно го одвојува од пубисот, правејќи го да изгледа подолг. Забележаното засилување е 1 до 2 cm во флакцидна состојба и 1,7 cm во ерекција. Ова издолжување се стекнува по цена на нестабилен пенис во ерекција, бидејќи е помалку добро прикачен на пубисот, што може да ја направи пенетрацијата полесна.

НАавтологна инјекција на маснотии вклучува инјектирање на маснотиите на субјектот под кожата на неговиот пенис. Ова никако не го издолжува пенисот, туку визуелно го прави подебел. Само дел од ставените масти не се апсорбираат од телото со текот на времето (10 до 50% во зависност од темата). Ресорпцијата може да биде нерамна и да доведе до изглед на пенисот „бројаница“.

Микропенисот може да има значителни психолошки реперкусии, особено во адолесценцијата, важно е на личноста да му се помогне и да се земат предвид неговите сомнежи.